Do không xử lý các chất thải của con người, các chất thải ở khu xí nghiệp và khu chế xuất, khai thác các khoáng sản, dầu mỏ, dầu khí nên làm cho nguồn nước bị ô nhiễm nghiêm trọng, có nguy cơ ảnh hưởng trực tiếp đến nhiều vấn đề sức khỏe và cuộc sống của con người. Kể cả những khu chế biến thủy sản, chất thải khu giết mổ, chế biến thực phẩm và hoạt động lưu thông với khí thải hóa chất cặn sau sử dụng cũng góp phần gây ô nhiễm nguồn nước.
1. Ô nhiễm do tự nhiên
Ô nhiễm tự nhiên đến từ việc tuyết tan, mưa, lũ lụt, gió bão… Ngoài ra còn có thể đến từ các hoạt động sống của sinh vật, kể cả xác chết. Khi cây cối và sinh vật chết đi, xác của chúng sẽ bị vi sinh vật phân huỷ thành chất hữu cơ. Một phần chất hữu cơ sẽ ngấm vào lòng đất và nước ngầm. Điều này gây ô nhiễm nguồn nước ngầm rồi dần dần ngấm vào sông hồ, suối, biển…
2. Ô nhiễm do hoạt động của nhà máy, khu công nghiệp
Tốc độ đô thị hoá, công nghiệp hoá tăng nhanh gây áp lực lên tài nguyên nước. Theo đó, mỗi khi hoạt động, các nhà máy sẽ có chất thải công nghiệp. Nước thải công nghiệp không có thành phần cố định. Thành phần cấu tạo phụ thuộc vào ngành nghề sản xuất của mỗi công ty. Nhưng dù thành phần như thế nào thì nó cũng có hại. Các chất gây hại chính có thể kể đến COD, BOD5 và SS. Khi thải ra, các chất thải sẽ được thải vào sông, biển. Khi không được xử lý kỹ sẽ khiến các nguồn nước này bị ô nhiễm. Con người hoặc sinh vật uống phải nước này sẽ có ảnh hưởng xấu đến sức khoẻ.
3. Ô nhiễm do hoạt động sinh hoạt
Tình trạng ô nhiễm nước ở các đô thị, nước thải, rác thải sinh hoạt không có hệ thống xử lý tập trung mà trực tiếp xả ra nguồn tiếp nhận (sông, hồ, kênh, mương). Mặt khác, còn rất nhiều cơ sở sản xuất không xử lý nước thải, phần lớn các bệnh viện và cơ sở y tế lớn chưa có hệ thống xử lý nước thải, một lượng rác thải rắn lớn trong thành phố không thu gom hết được… là những nguồn quan trọng gây ra ô nhiễm nguồn nước.
4. Ô nhiễm do đô thị hóa
Tốc độ công nghiệp hoá và đô thị hoá khá nhanh và sự gia tăng dân số gây áp lực ngày càng nặng nề đối với tài nguyên nước trong vùng lãnh thổ. Môi trường nước ở nhiều đô thị, khu công nghiệp và làng nghề ngày càng bị ô nhiễm bởi nước thải, khí thải và chất thải rắn. Ở các thành phố lớn, đông dân chất thải do sinh hoạt cũng là một nguyên nhân quan trọng đang gây ô nhiễm môi trường nước.
5. Ô nhiễm do các yếu tố khách quan khác
Bên cạnh đó, sự gia tăng dân số, mặt trái của quá trình công nghiệp hoá, hiện đại hoá, cơ sở hạ tầng yếu kém, lạc hậu, nhận thức của người dân về vấn đề môi trường còn chưa cao… Đáng chú ý là sự bất cập trong hoạt động quản lý, bảo vệ môi trường. Nhận thức của nhiều cơ quan quản lý, tổ chức và cá nhân có trách nhiệm về nhiệm vụ bảo vệ môi trường nước chưa sâu sắc và đầy đủ, chưa thấy rõ ô nhiễm môi trường nước là loại ô nhiễm gây nguy hiểm trực tiếp, hàng ngày và khó khắc phục đối với đời sống con người cũng như sự phát triển bền vững của đất nước.