Để kiểm soát nước ăn uống và nước sinh hoạt, Bộ Y tế soạn thảo và Bộ Khoa học và Công nghệ đã lần lượt ban hành QCVN 01:2009/BYT-Quy chuẩn kỹ thuật Quốc gia về chất lượng nước ăn uống và QCVN 02:2009/BYT-Quy chuẩn kỹ thuật Quốc gia về chất lượng nước sinh hoạt. (i) Đối với QCVN 01:2009/BYT, quy chuẩn này quy định về chất lượng nước ăn uống được Bộ Y tế ban hành năm 2009 với 109 chỉ tiêu, trong đó có 15 chỉ tiêu chất lượng nhóm A (tần suất giám sát 1 tháng/lần); 16 chỉ tiêu chất lượng nhóm B (tần suất giám sát 6 tháng/lần) và 78 chỉ tiêu chất lượng nhóm C (tần suất giám sát 2 năm/lần); (ii) Đối với QCVN 02:2009/BYT, quy chuẩn này quy định mức giới hạn các chỉ tiêu chất lượng đối với nước sử dụng cho mục đích sinh hoạt thông thường với quy mô nhỏ (< 1.000m3/ngày đêm) và các hình thức cấp nước hộ gia đình. So với QCVN 01:2009/BYT, QCVN 02:2009/BYT quy định ít chỉ tiêu chất lượng nước hơn (14 chỉ tiêu) được chia thành hai mức I và II áp dụng cho các đối tượng khác nhau.
Trong quá trình áp dụng các quy chuẩn này kể từ khi ban hành tới nay đã gặp phải một số tồn tại cần phải khắc phục, cụ thể bao gồm:
Việc phân theo nước ăn uống và nước sinh hoạt là không cần thiết, bởi trong thực tế là khó có thể xác định một cách rõ ràng hai mục đích sử dụng này. Mà ngược lại, nước sinh hoạt thường được sử dụng luôn làm nước ăn uống tại các hộ gia đình.
QCVN 01:2009/BYT đang quy định quá nhiều chỉ tiêu/thông số bắt buộc phải giám sát đối với chất lượng nước thành phẩm, tuy nhiên, các Trung tâm Y tế
Dự phòng tỉnh/thành phố, các công ty cấp nước tập trung chỉ tập trung vào kiểm tra chất lượng nước cuối đường ống (tại các hộ gia đình), nên việc áp dụng theo QCVN 01:2009/BYT dường như không khả thi với nhiều tỉnh/thành do lượng mẫu phải phân tích nhiều, vượt quá khả năng về nhân lực và kinh phí của các đơn vị. Một số đơn vị sản xuất và cung cấp nước ăn uống cũng không có khả năng phân tích tất cả 109 chỉ tiêu theo quy định. Ngoài ra, các chỉ tiêu chất lượng nước ăn uống này không giúp họ kiểm soát. Bên cạnh đó, hầu hết các
Trung tâm Y tế Dự phòng/ Trung tâm kiểm soát bệnh tật tỉnh/thành phố chưa có đủ năng lực để phân tích toàn bộ 109 chỉ tiêu nước, đặc biệt là các chỉ tiêu 2 nhóm B và C. Đồng thời, nhiều kết quả phân tích trong nhiều năm đã không phát hiện sự hiện diện của một số chỉ tiêu được quy định trong QCVN.
Bên cạnh đó, việc quy định tới 109 chỉ tiêu bắt buộc phải phân tích theo QCVN 01:2009/BYT đã tạo ra gánh nặng chi phí cho người sử dụng nước, hơn nữa, chi phí này nhiều khi được xem là sự lãng phí khi rất nhiều chỉ tiêu không được phát hiện trong nước ăn uống thành phẩm mà vẫn phải phân tích xác định nồng độ hàng năm.
Ngoài ra, về mặt kỹ thuật trong QCVN 01:2009/BYT đang yêu cầu áp dụng chuẩn xác (áp dụng cứng) phương pháp thử cho mỗi thông số xét nghiệm, do vậy không phù hợp với thực tế khoa học kỹ thuật phát triển thì các phương pháp thử quy định cũng sẽ thay đổi theo. Điều này đã gây lúng túng cho người áp dụng QCVN 01:2009/BYT hiện hành.
Với QCVN 02:2009/BYT, việc chỉ quy định 14 chỉ tiêu so với 109 chỉ tiêu của QCVN 01/2009/BYT nghiễm nhiên đã cho phép loại nguồn nước này có thể kém sạch hơn nước uống hoặc với các cơ sở cung cấp nước sinh hoạt có công suất lớn hơn 1.000m3 /ngày.đêm. Điều này là không công bằng trong hoạt động cấp nước và quyền được tiếp cận nguồn nước chất lượng của người dân ở những nơi mà không có sự phân biệt rõ ràng giữa chất lượng trong thực tế kiểm tra, giám sát theo QCVN 02:2009/BYT cũng xuất hiện ít nhiều điểm chưa phù hợp về việc cấn áp dụng giới hạn tối đa cho phép nào hay áp dụng QCVN nào đối với những trạm cấp nước tập trung có công suất < 1.000m3 /ngày đêm nhưng cho các khu đô thị, dân cư để phục vụ cho mục đích ăn uống, sinh hoạt.
Ngoài ra, trong QCVN 02:2009/BYT có sự phân biệt giữa chất lượng nước giữa hai vùng đô thị và nông thôn, thông thường chất lượng nước của vùng nông thôn thường kém hơn. Điều này vô hình chung đã tạo ra sự bất bình đẳng trong tiếp cận nguồn nước đối với cư dân nông thôn khi so sánh với cư dân đô thị.
Kế hoạch cấp nước an toàn (WSP), dưới sự hỗ trợ của Tổ chức Y tế Thế giới (WHO), đã được áp dụng tại Việt Nam từ năm 2006, đến nay đã ở giai đoạn thứ 3 của chương trình. Cách tiếp cận mới này không chỉ là là một phương tiện hữu hiệu để quản lý các rủi ro nhằm giảm thiểu những tác động gây ra cho sức khỏe cộng đồng (các bệnh lây truyền qua đường nước) mà còn giúp kiểm soát chất lượng quá trình sản xuất/xử lý nước, từ đó giảm gánh nặng cho các đơn vị liên quan do phải phân tích quá nhiều chỉ tiêu chất lượng nước, giảm số lượng chỉ tiêu cần phân tích và giúp đơn vị tiết kiệm được kinh phí xét nghiệm. Do đó, xây dựng QCVN mới về chất lượng nước sạch 3 trên cơ sở hợp nhất, sửa đổi QCVN 01:2009/BYT và QCVN 02:2009/BYT là hết sức cần thiết ở giai đoạn hiện nay.